详细描述

一、个人简介    

张文炳，新葡萄8883官网AMG教授，博士生导师，1999年获得新葡萄8883官网AMG博士学位，并留校任教，2000年晋升为副教授。1999.11至2005.12，公派前往美国密苏里-哥伦比亚大学物理系做研究工作， 2005年12月回新葡萄8883官网AMG，晋升为正教授，并被遴选为博士生导师。2010年获国家自然科学二等奖（第四完成人）。目前主持2项国家自然科学基金.

二、研究兴趣  

生物分子（DNA，RNA，Protein）是由成千上万个原子通过共价键连接的链状有机分子，它在生命体中发挥着重要的生物功能，比如：细胞的分裂和复制，遗传信息的传递和存储，蛋白质的合成，基因信息的调控等等。这些生物分子发挥其生物功能须要形成某种特殊的结构，而错误的折叠结构常常可以引起疾病，同时生物分子通过改变其结构感知环境的变化继而发挥不同的功能，如调控基因的表达。根据物理原理，我们发展理论和方法预测生物分子序列和结构以及结构和功能的关系。    

三、主要研究方向    

1、生物分子的统计热力学：结构和稳定性预测，致病分子的结构，生物分子序列设计。    

2、RNA折叠及转录折叠动力学：折叠机制，有功能的中间态，限制变化率的关键步，折叠路径和过渡态的预测，变异及分子序列的影响，转录过程及环境对核酸结构和功能的影响。    

3、生物分子相互作用，RNA-RNA，RNA-DNA，DNA-DNA，小分子配体-核酸相结合的统计热力学和动力学，结合点的预测。
4、基因调控网络及基因药物设计。    

四、部分代表性工作    

1.     Yujie Wang, Sha Gong, Zhen Wang. Wenbing Zhang. The thermodynamics and kinetics of a nucleotide base pair. Journal of Chemical Physics, 2016.

2.     Sha Gong, Yujie Wang, Wenbing Zhang. The regulation mechanism of yitJ and metF riboswitches. Journal of Chemical Physics 143:045103, 2015.(pdf)    

3.     Sha Gong, Yujie Wang, Wenbing Zhang. Kinetic regulation mechanism of pbuE riboswitch, Journal of Chemical Physics 142:015103, 2015.(pdf)      

4.     Jiawen Chen, Sha Gong, Yujie Wang, Wenbing Zhang. Kinetic partitioning  mechanism of HDV ribozyme folding. Journal of Chemical Physics 140:025102, 2014.(pdf)    

5.     Jiawen Chen, Wenbing Zhang. Kinetic analysis of the effects of target structure on siRNA efficiency. Journal of Chemical Physics 137:225102, 2012.(pdf)      

6.     Peinan Zhao, Wenbing Zhang, Shi-Jie Chen. Cotranscriptional folding kinetics of ribonucleic acid secondary structures. Journal of Chemical Physics 135:245101, 2011.(pdf)    

7.     Peinan Zhao, Wen-Bing Zhang, Shi-Jie Chen. Predicting Secondary Structural Folding Kinetics for Nucleic Acids. Biophysical Journal 98:1617-1625, 2010.(pdf)    

8.     Zhang WB, Chen SJ. Exploring the complex folding kinetics of RNA hairpin. General folding kinetics analysis. Biophysical Journal 90:765, 2006. (pdf)    

9.     Zhang WB, Chen SJ. Exploring the complex folding kinetics of RNA hairpin. Effect of sequence, length, and misfolded states. Biophysical Journal 90:778, 2006. (pdf)    

10.  Zhang WB, Chen SJ. Analyzing the biopolymer folding rates and pathways using kinetic cluster method. Journal of Chemical Physics 119:8716, 2003. (pdf)    

11.  Zhang WB, Chen SJ. Master equation approach to finding the rate-limiting steps in biopolymer folding. Journal of Chemical Physics 118: 3413, 2003. (pdf)    

12.  Zhang WB, Chen SJ. RNA hairpin-folding kinetics. Proceedings of The National Academy of Sciences of The United States of America(PNAS) 99:1931, 2002.(pdf)    

13.  Zhang WB, Chen SJ. A three-dimensional statistical mechanical model of folding double-stranded chain molecules. Journal of Chemical Physics 114:7669, 2001. (pdf)    

14.  Zhang WB, Chen SJ. Predicting free energy landscapes for complexes of double-stranded chain molecules. Journal of Chemical Physics, 114:4253, 2001. (pdf)